From Alpha to Omicron BA.2: New digital RT-PCR approach and challenges for SARS-CoV-2 VOC monitoring and normalization of variant dynamics in wastewater
 

Tout au long de la pandémie de SARS-CoV-2, de nouveaux variants ont émergé et se sont propagés au sein de la population et, de fait, dans les eaux usées. Dans cette capsule, Sam AZIMI de la Direction Innovation du SIAAP présente une étude scientifique dont les objectifs étaient de dater l'émergence des sous-variants Omicron BA.1 et BA.2 à partir du suivi des eaux usées et de modéliser leur dynamique de propagation au sein des populations. En utilisant des échantillons d’eaux usées provenant de la France entière, les variants ont été repérés grâce aux déletions et substitutions entre certains acides aminés apparues sur les segments d’ARN du virus. Les résultats ont ensuite été comparés aux données de santé publique et aux données d’incidences régionales pour évaluer les dynamiques de propagation. Ce travail a permis de confirmer l’intérêt d’utiliser l’analyse des eaux usées pour la détection précoce des évolutions de l’épidémie.